שם כולל לאוכלוסיית החיידקים הידידותיים של המעיים, השומרים על מערכת העיכול ע"י ייצור חומצות ומרכיבים אחרים המונעים התפתחותם של חיידקים מעוררי מחלות. פרוביוטיקה נחוצה בעיקר לתפקוד תקין של מערכת העיכול ולהבטחת סילוק הפסולת באופן סדיר. כמו כן משתתפים חיידקים אלו בייצור ויטמיני B, פועלים כאנטי סרטניים וממלאים תפקיד חשוב בהגנה מפני זיהומים סביבתיים. סביבה מאוזנת של חיידקים ידידותיים חשובה לויסות רמות השומנים בדם.
שימוש ממושך באנטיביוטיקה ובתרופות סותרות חומצה, צריכת קפאין, תזונה דלה בויטמינים, מינרלים וסיבים תזונתיים וכן סטרס הורסים את איזון פלורת המעיים.